辞职后公司应结算被扣的半月工资。依据《劳动法》，用人单位解除劳动合同时需一次付清劳动者工资。不及时处理可能导致劳动者申请劳动仲裁，影响公司声誉。
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辞职应结被扣工资。操作：1. 与公司人事沟通，要求结算被扣工资；2. 若公司拒绝，收集证据如工资条、合同等；3. 向劳动仲裁委申请仲裁，要求支付被扣工资及可能的经济补偿。
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公司扣半月工资辞职后，常见处理方式是申请劳动仲裁或与公司协商。建议先与公司协商，若协商无果再申请劳动仲裁，以维护自身权益。