公司因吸烟扣工资不合法。依据《劳动法》，企业不得无故克扣工资，此行为违法且损害员工权益。若不及时处理，可能导致员工权益持续受损，影响工作积极性及企业声誉。
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公司扣工资不合法。应对方式：1.与公司沟通，要求说明扣款依据；2.向劳动监察部门投诉，请求介入调查；3.若沟通无果，可准备证据申请劳动仲裁，维护自身权益。
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常见处理方式为向劳动监察投诉或申请劳动仲裁。选择时应考虑效率与公正，投诉快速但可能需多次沟通，仲裁更正式但需时间成本。